據 知情人士描述，在6月10日晚，正在和朋友吃飯的黃琦被不明身份者強行塞入車中帶走，並對黃琦實施抄家，理由是有人控告黃琦詐騙，之後，警方又聲稱抄家時 發現黃持有「國家機密」。6月16日，武漢警方將「涉嫌非法持有國家機密」的形式拘留書送交給黃琦先生的母親浦玉清女士。

四川異議人士鄧永 亮認為這是中共當局繼續為奧運清場而展開的一系列抓捕行動，並對此表示氣憤，他說：「可以說抓捕黃琦是早有準備的，與他同時被抓的左小環馬上就被樂山警方 帶走了。其實一切都是為了奧運的清場！罪名都是強加的。國內許多民主人士都受到威脅，就是為了開這個奧運，迫害人權和正義人士，這樣的奧運國際社會難道沒 有責任麼？！」

黃琦目前是中國天網人權事務中心的負責人，曾大量報導過國內百姓的不平遭遇，在四川地震發生後，黃琦和工作人員曾數次進入災 區發放救災物資，發表文章批評國內媒體對救災工作的不公正報導，並指責中共當局阻礙民間非政府組織參與救災的做法。救災被捕前，他還在網站上發佈了四川綿 陽退休職工曾宏玲因撰寫三篇和地震有關的文章而被當局逮捕的消息。

在2000到2005年，黃琦曾因為從事人權工作而被中共當局已「顛覆國家罪」的藉口判刑5年，在獄中遭到酷刑迫害。